Катер БК-16Э предназначен для проведения операций в светлое и темное время суток в морских прибрежных зонах, проливах, устьях рек и на озерах; перевозки личного состава; высадки десанта на необорудованное побережье; огневой поддержки десанта; борьбы с пиратством и терроризмом; медицинской эвакуации; оказания помощи терпящим бедствие.
Для обеспечения мобильности при базировании катеров БК16Э разработан комплекс технических средств в состав которого могут входить:

автомобильный прицеп,
пост береговой охраны, созданный на базе стандартного транспортного контейнера.

Катер БК16Э является универсальной платформой на базе которой возможно создание следующих модификаций:

командный;
медицинский с реанимационными модулями для эвакуации пострадавших;
водолазный;
противодиверсионный;
пожарный;
разминирования.